Les compensations financières du fonds prennent la forme de subventions.

A l'intérieur d'un même marché pertinent, les compensations financières comportant une participation du fonds d'intervention pour les aéroports et le transport aérien ne doivent pas introduire de distorsions de concurrence, notamment tarifaires, entre les transporteurs exploitant des liaisons bénéficiant du fonds et les autres transporteurs.

Dans le cas où les obligations de service public imposées aux transporteurs ne comportent pas d'obligations tarifaires, la participation du fonds d'intervention pour les aéroports et le transport aérien représente de 70 à 80 % de la compensation financière octroyée au transporteur retenu.
Si, à la demande des collectivités territoriales et autres personnes publiques intéressées, les obligations de service public imposées aux transporteurs comportent des obligations tarifaires, la participation du fonds d'intervention pour les aéroports et le transport aérien représente de 60 à 70 % de la compensation financière octroyée au transporteur retenu.
Le taux de participation du fonds est arrêté pour chaque liaison par le ministre chargé de l'aviation civile, sur proposition du comité de gestion du fonds relevant du décret du 15 janvier 1996 précité, en fonction de la richesse fiscale des collectivités territoriales.
Nonobstant les dispositions ci-dessus mentionnées, la participation du fonds ne peut dépasser 50 % de la recette réalisée par le transporteur sur la liaison considérée.

Les compensations financières versées par le fonds d'intervention pour les aéroports et le transport aérien font l'objet de règlements sous forme d'acomptes et de soldes de régularisation au vu des résultats réels du transporteur sur cette même liaison dans la limite du montant demandé pour chaque année d'exploitation lors de l'appel d'offres.
La réalisation d'un nombre d'allers et retours inférieur au minimum imposé par les obligations de service public et la réalisation de vols ne respectant pas ces obligations ne font pas obstacle au versement de la compensation financière par le fonds, sous réserve que ne soient directement imputables au transporteur que les manquements correspondant par an à au plus 3 % des vols prévus dans lesdites obligations.
Si les obligations de service public ne sont pas intégralement respectées, pour des raisons imputables au transporteur, sur un pourcentage de vols excédant celui figurant dans lesdites obligations au titre des annulations de vols imputables au transporteur, ce dernier se voit appliquer une pénalité financière par réduction du montant maximal visé au premier alinéa du présent article, calculée en tenant compte des manquements constatés ; en cas de manquements graves, la sanction peut aller jusqu'à la résiliation anticipée de la convention de délégation de service public.

Le présent décret n'est pas applicable aux collectivités territoriales de Mayotte et de Saint-Pierre-et-Miquelon, qui feront l'objet de mesures d'adaptation particulières.