Il est créé un comité consultatif de la réserve présidé par le préfet ou son représentant. La composition de ce comité est fixée par arrêté du préfet. Il comprend :
1° Des représentants de propriétaires, d'usagers et, le cas échéant, des élus locaux concernés ;
2° Des représentants d'administrations et d'établissements publics concernés ;
3° Des représentants d'associations de protection de la nature et des personnalités scientifiques qualifiées.
Les membres du comité sont nommés pour une durée de trois ans. Leur mandat peut être renouvelé. Les membres du comité décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, cessent d'exercer les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leurs prédécesseurs.
Le comité se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président. Il peut déléguer l'examen d'une question particulière à une formation restreinte.

Le comité consultatif donne son avis sur le fonctionnement de la réserve, sur la gestion et sur les conditions d'application des mesures prévues au présent décret.
Il se prononce sur le plan de gestion de la réserve.
Il peut faire procéder à des études scientifiques et recueillir tout avis en vue d'assurer la conservation, la protection ou l'amélioration du milieu naturel de la réserve.

Le préfet, après avoir demandé l'avis de la commune de Noirmoutier-en-l'Ile, confie par voie de convention la gestion de la réserve naturelle à une collectivité locale, à un établissement public ou à une association régie par la loi de 1901.