Le comité se réunit au moins une fois par an. Ses délibérations sont préparées par un comité permanent.
Présidé par le secrétaire général du Gouvernement, le comité permanent comprend un représentant du Président de la République, un représentant de chacun des ministres membres de droit du comité interministériel, un représentant de chacun des autres ministres intéressés par les questions inscrites à l'ordre du jour et un représentant du secrétariat général des affaires européennes.
Le secrétaire général du ministère des affaires étrangères rapporte les questions soumises au comité permanent.