Par arrêté pris après avis de la mission interministérielle de l'eau, le ministre chargé de l'environnement peut procéder à l'agrément de laboratoires ou d'organismes, en vue de la réalisation des analyses et contrôles qui peuvent être prescrits en application du présent décret et mis à la charge des bénéficiaires d'une autorisation ou d'une déclaration, ou pour réaliser les autres analyses, contrôles et évaluations qui peuvent être nécessaires pour l'application de la loi du 16 décembre 1964 susvisée et des articles L. 210 et suivants du code de l'environnement ou pour la prévention et la lutte contre la pollution des eaux.
Le silence gardé pendant plus de douze mois sur la demande d'agrément à compter de sa réception vaut décision de rejet.