Les autorisations de programme de la section territoriale sont réparties par dotation entre les territoires par le ministre chargé des départements et territoires d'outre-mer, après avis du comité directeur.
Les assemblées compétentes arrêtent, dans la limite de ces dotations, la liste des opérations d'investissement pouvant faire l'objet d'un financement par la section territoriale ainsi que le montant des crédits à affecter à chacune d'entre elles.
Les dépenses correspondant aux opérations mentionnées ci-dessus sont engagées, opération par opération, par le représentant de l'Etat dans le territoire, après décision des collectivités sur leur éventuelle participation financière.