La taxe due par les armateurs est recouvrée par l'Etablissement national des invalides de la marine selon les règles, garanties et sanctions applicables aux cotisations dues à cet établissement.
Un prélèvement de 5 p. 100 du montant des taxes perçues, représentant les frais d'assiette et de perception, est opéré par cet établissement à son profit.
La taxe due par les premiers acheteurs et celle due par les éleveurs sont recouvrées par le comité local dans la circonscription duquel sont effectués les premiers achats ou implantés les élevages.