Les présidents des comités nationaux sont nommés par arrêté conjoint des ministres respectivement chargés de l'agriculture, de l'économie et de la consommation pour une durée de six ans renouvelable. Ils sont choisis parmi les professionnels des secteurs de la production, de la transformation ou du négoce.
Les présidents des comités nationaux ont qualité pour accomplir les actes de la vie civile relevant du secteur de compétence du comité national qu'ils président. Ils en tiennent informé le président du conseil permanent.
Ils peuvent, s'il y a lieu et chaque fois qu'ils le jugent nécessaire, assister aux délibérations des comités régionaux ou s'y faire représenter.
Lors de leur première réunion, les comités nationaux désignent des vice-présidents qui ont pour mission de suppléer le président quand il se trouve empêché. Ces désignations sont soumises à l'agrément du ministre chargé de l'agriculture.
Le plus âgé des vice-présidents assure, le cas échéant, l'intérim de la présidence.