La constatation des indus sur l'indemnité représentative de logement est faite par les services de l'Etat dans les conditions prévues par un arrêté conjoint des ministres de l'éducation nationale et de l'intérieur et du ministre chargé du budget.
Le trop-perçu est imputé sur l'indemnité représentative de logement restant à verser. Lorsque son montant est supérieur à celui de l'indemnité, l'apurement se poursuit le ou les mois suivants. Lorsque le trop-perçu ne peut être récupéré selon ces modalités, les actes de poursuite relatifs à leur recouvrement s'effectuent, par dérogation aux dispositions de l'article R. 241-4 du code des communes, sans l'autorisation de l'ordonnateur. Le recouvrement est assuré par l'agent comptable du Centre national de la fonction publique territoriale.