Le paiement des indemnités se fait sans mandatement préalable. Un mandat de régularisation est établi mensuellement par le président du conseil d'administration du Centre national de la fonction publique territoriale au vu d'un état récapitulatif indiquant le nombre de bénéficiaires et le montant total des fonds versés.
Il est établi tous les ans dans les mêmes conditions un relevé des paiements effectués par agent.