Les dispositions du décret n° 94-39 du 14 janvier 1994 relatif au budget et au régime financier des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel sont applicables au palais de la Découverte, à l'exception de celles qui sont relatives au budget propre des composantes.

Le palais de la Découverte dispose notamment de ressources constituées par :
1° Des subventions de l'Etat, des collectivités locales et des organismes publics ou privés ;
2° Le produit des recettes d'entrées et des publications ;
3° Le produit de la vente des livres, documents, modèles didactiques ou échantillons de collections ;
4° Des dons et legs.

Les charges du palais de la Découverte comprennent les frais de personnels, de fonctionnement, d'équipement et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.