Le conseil scientifique définit la politique scientifique et didactique de l'établissement. Il propose les orientations des programmes de formation et de recherche en muséologie et en didactique.

Dans le cadre de ses attributions, il peut créer toutes les commissions scientifiques spécialisées utiles. Il peut inviter des personnalités extérieures à siéger aux séances de ces commissions.