Pour l'accomplissement de sa mission, la commission dispose de crédits inscrits à ce titre au budget des services du Premier ministre.

Le vice-président, le rapporteur général, les rapporteurs et les agents ou experts qui collaborent aux travaux de la commission peuvent percevoir des indemnités liées à l'exercice de leurs fonctions, dans des conditions fixées par arrêté du Premier ministre et du ministre chargé du budget.

Les membres de la commission qui n'auraient pas la qualité de fonctionnaire ou d'agent de l'Etat sont assimilés, pour le remboursement de leurs frais de mission, aux fonctionnaires exerçant des fonctions de niveau comparable. Il en va de même des collaborateurs, agents et experts qui assistent la commission dans ses travaux.