Le directeur est nommé pour trois ans par décret sur proposition des ministres de tutelle.
Le directeur exécute les décisions du conseil d'administration et assure le fonctionnement des services de l'agence. Il a autorité sur ses personnels et affecte à tous ses emplois.
Il représente l'agence en justice et dans les actes de la vie civile.
Il est ordonnateur des dépenses et des recettes de l'agence.
Des ordonnateurs secondaires peuvent être institués dans les établissements régis par le décret du 24 août 1976 susvisé.
Il peut déléguer sa signature en matière administrative et financière, et retirer cette délégation à tout moment.