Le budget de l'observatoire est présenté conformément aux dispositions des décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 susvisés. Une présentation des recettes et des dépenses par fonctions lui est annexée.

Les projets de budget sont communiqués au recteur d'académie quinze jours avant leur présentation au conseil d'administration.

Les délibérations à caractère budgétaire sont réputées approuvées, si le recteur n'a pas fait connaître son refus de les approuver dans les quinze jours suivant la réception des procès-verbaux. En cas de refus, le conseil d'administration dispose d'un délai d'un mois pour délibérer à nouveau. A défaut de nouvelle délibération ou lorsque le budget n'est pas adopté en équilibre réel, il est arrêté par le recteur. Le budget doit être adopté au 1er janvier ou, au plus tard, dans le délai de deux mois à compter de la notification de la dotation allouée pour son fonctionnement.A défaut, il est arrêté par le recteur.