L'école est dirigée par un directeur assisté d'un ou deux directeurs adjoints. Elle est dotée d'un conseil d'administration et d'un conseil scientifique.

Le directeur est nommé par décret du Président de la République pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures. Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à la commission prévue à l'article suivant un avis motivé sur trois candidatures qu'il a au préalable retenues.
Le directeur est choisi parmi les professeurs d'université ou les personnels appartenant à des catégories assimilées en application de l'article 5 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987, relatif au Conseil national des universités.
Le directeur est nommé pour une durée de cinq ans immédiatement renouvelable une fois.

La commission appelée à émettre un avis sur la nomination du directeur comprend seize membres nommés par le ministre chargé de l'enseignement supérieur :
1° Quatre présidents de section du comité national du Centre national de la recherche scientifique relevant de disciplines correspondant aux missions de l'école, sur proposition du directeur général du centre ;
2° Quatre présidents de section du Comité national des universités relevant de disciplines mentionnées au 1° ci-dessus ;
3° Quatre personnalités sur proposition, respectivement, du secrétaire perpétuel de l'Académie des inscriptions et belles lettres, du secrétaire perpétuel de l'Académie des sciences morales et politiques, de l'administrateur du Collège de France et du président du conseil d'administration de la Fondation nationale des sciences politiques ;
4° Quatre personnalités scientifiques, choisies en raison de leur compétence dans les domaines correspondant aux missions de l'école.

Le ou les directeurs adjoints sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur après avis du directeur de l'école. Ils sont choisis parmi les catégories de personnels mentionnées au deuxième alinéa de l'article 6 ci-dessus.

Le conseil d'administration comprend trente membres ainsi répartis :
1° Quinze personnalités nommées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur :
a) Quatre personnalités désignées sur proposition, respectivement, du ministre des affaires étrangères, du ministre chargé de la culture, du ministre chargé de la fonction publique et du directeur général du Centre national de la recherche scientifique ;
b) Quatre personnalités scientifiques désignées sur proposition, respectivement, du secrétaire perpétuel de l'Académie des inscriptions et belles lettres, du secrétaire perpétuel de l'Académie des sciences morales et politiques, de l'administrateur du Collège de France et du président du conseil d'administration de la Fondation nationale des sciences politiques ;
c) Sept professeurs d'université ou personnels de niveau équivalent, français ou étrangers, n'exerçant pas à l'école.
2° Trois représentants des professeurs d'université et personnels appartenant à des catégories assimilées en application de l'article 5 du décret du 20 janvier 1987 précité : un représentant de chacun des groupes de disciplines suivantes : lettres, langues, sciences humaines et sociales.
3° Trois représentants des autres personnels d'enseignement et de recherche : un représentant de chaque discipline.
4° Six représentants des élèves : deux représentants pour chaque groupe de disciplines, élus par collèges distincts.
5° Trois représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service : un représentant des ingénieurs et techniciens, un représentant des personnels administratifs et un représentant des personnels ouvriers et de service, élus par collège distinct.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, parmi les membres nommés de ce conseil.
Un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur assiste aux séances du conseil.
Le directeur et le ou les directeurs adjoints siègent au conseil d'administration avec voix consultative. Le directeur est accompagné de ses collaborateurs, et, notamment, du secrétaire général et de l'agent comptable.

Le conseil d'administration est réuni, à l'initiative et sur convocation de son président, au moins deux fois par an. Il peut se réunir également, sur convocation de son président, à la demande du directeur de l'école ou des deux tiers de ses membres.
Il ne peut valablement délibérer que si la majorité au moins des membres ayant voix délibérative participe à la séance. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le mérite ordre du jour dans un délai de dix jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
La voix du président est prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le conseil scientifique comprend :
1° Le directeur de l'école, président ;
2° Le ou les directeurs adjoints ;
3° Douze personnalités extérieures à l'école nommées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
a) Quatre présidents de section du comité national du Centre national de la recherche scientifique, sur proposition du directeur général du centre ;
b) Quatre personnalités scientifiques choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école ;
c) Quatre personnalités scientifiques sur proposition respectivement de l'académie des inscriptions et belles lettres, de l'académie des sciences morales et politiques, de l'assemblée des professeurs du Collège de France et du conseil d'administration de la Fondation nationale des sciences politiques ;
4° Deux représentants élus des professeurs d'université et personnels assimilés dans les conditions prévues au 2° de l'article 9 ci-dessus ;
5° Deux représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
6° Un représentant élu des ingénieurs de recherche ;
7° Deux représentants élus des élèves ;

Le directeur peut recueillir l'avis d'une commission des études qu'il préside et qui comprend, dans des conditions définies par le règlement intérieur de l'école, des représentants de personnels d'enseignement et de recherche et des élèves et des membres de l'administration de l'école.

Les dispositions du décret n° 85-59 du 18 janvier 1985 fixant le régime électoral des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel sont applicables à l'école sous réserve des dérogations prévues ci-après.

Au conseil d'administration et au conseil scientifique, les représentants du personnels et des élèves sont élus au scrutin uninominal majoritaire à deux tours. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au bénéfice de l'âge.
Pour les élèves, chaque candidat se présente avec un suppléant qui siège en cas d'empêchement du titulaire et le remplace en cas de vacance du siège.

Les personnels affectés à l'école sont électeurs et éligibles au conseil d'administration et au conseil scientifique au titre des personnels d'enseignement et de recherche, dans le collège correspondant à leur grade.
Sont également électeurs et éligibles, dans les mêmes conditions :
1. Les personnels assurant à l'école un nombre d'heures d'enseignement au moins égal à la moitié des obligations de service de référence, s'ils en font la demande ;
2. Lu personnels assurant leurs activités de recherche à l'école, en vertu d'une convention.
La liste des personnels mentionnés à l'alinéa précédent est communiquée craque année par le directeur au conseil d'administration.

Les élèves en cours de scolarité sont électeurs et éligibles au conseil d'administration. Au conseil scientifique, sont électeurs les élèves titulaires d'une maîtrise ou d'un diplôme équivalent, sont seuls éligibles les élèves titulaires de l'agrégation ou d'un diplôme d'études approfondies.

La durée du mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique est de trois ans, à l'exception des représentants des élèves, dont le mandat est d'un an.

Le mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique prend fin de plein droit lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont être élus ou nommés.
Sous réserve des dispositions du second alinéa de l'article 15, en cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, celui-ci est pourvu pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant le terme normal du mandat.