L'agent comptable est nommé sur proposition du président par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget. Dans les mêmes conditions, des agents comptables secondaires peuvent être nommés.
L'agent comptable de l'université française du Pacifique peut exercer, sur décision du président, les fonctions de chef des services financiers.

L'université française du Pacifique dispose pour l'accomplissement de ses missions des moyens mis à sa disposition par l'Etat, les territoires d'outre-mer, les organisations internationales ainsi que par les partenaires publics ou privés, français ou étrangers, participant à son activité, dans le cadre de conventions passées à cet effet. Elle dispose, en outre, de toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être instituées dans l'université française du Pacifique dans les conditions fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget. Les régisseurs sont nommés par le président avec l'agrément de l'agent comptable.

Les fonds de l'université française du Pacifique sont déposés chez un comptable du Trésor ou au service des chèques postaux.
Toutefois, une fraction de ces fonds, égale au rapport entre les ressources autres que celles provenant de l'Etat ou de toute autre collectivité ou organisme lui-même tenu de déposer ses fonds au Trésor et l'ensemble des recettes, peut être placée librement sur délibération du conseil d'administration prise après avis de l'agent comptable.

Les membres des conseils exercent leurs fonctions à titre gratuit. Leurs frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions fixées par la réglementation en vigueur pour les fonctionnaires de l'Etat dans les territoires considérés.