L'université française du Pacifique est soumise au régime financier et comptable prévu par l'article 60 de la loi de finances du 23 février 1963, par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements publics de l'Etat et par les décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 et n° 62-1587 du 29 décembre 1962.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget fixe, en tant que de besoin, les modalités du contrôle financier.
Les opérations de l'université française du Pacifique sont soumises au contrôle et aux vérifications de l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale.