Le commissaire du Gouvernement placé auprès de l'association de gestion du compte unique est nommé par arrêté du ministre chargé de la formation professionnelle. Il assiste de droit aux séances de toutes les instances de délibération et d'administration de l'association.
Il dispose d'un droit de veto suspensif de quinze jours, exprimé par écrit et motivé, sur les décisions. Pendant ce délai, l'instance qui a pris la décision procède à un nouvel examen.
Le commissaire du Gouvernement a communication de tous les documents relatifs à la gestion du compte unique et au fonctionnement de l'association.