Dans chacun des groupements de bassin créés pour l'application de la loi du 16 décembre 1964 susvisée, le préfet de la région où le comité de bassin a son siège est coordonnateur des actions de l'Etat dans le domaine de l'eau et de la gestion des milieux naturels aquatiques.

Il coordonne les actions de l'Etat en matière de police et de gestion des ressources en eau ainsi que pour l'élaboration des schémas d'aménagement des eaux, des cartes d'objectifs de qualité et des schémas départementaux de vocation piscicole.