Est créé auprès du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'industrie un comité interministériel chargé de coordonner l'action des départements ministériels à l'égard des projets Eurêka auxquels participent des entreprises et des organismes de recherche français. Ce comité assure le recensement des projets et en suit l'exécution. Il est informé de l'état d'avancement et de financement des projets et prend, si nécessaire, les décisions correspondantes.

Ce comité interministériel est présidé soit par le ministre chargé de la recherche, soit par le ministre chargé de l'industrie. En cas d'absence ou d'empêchement de ces ministres, la présidence est assurée, par délégation, par un secrétaire général nommé par arrêté des ministres chargés de la recherche et de l'industrie, pour une durée de quatre ans renouvelable.
Il comprend les ministres ou les représentants des ministres chargés de l'agriculture, des affaires étrangères, des affaires européennes, du budget, de la défense, de l'énergie, de l'environnement, de l'équipement, de l'industrie, de la recherche, de la santé, de la technologie et des télécommunications.
En tant que de besoin, des ministres autres que les ministres mentionnés au précédent alinéa et des représentants d'établissements publics, d'organismes ou d'entreprises compétents dans les secteurs de la recherche et de l'industrie peuvent être invités à participer à ses travaux.
Le secrétaire général des affaires européennes ou son représentant assiste de droit aux réunions du comité interministériel.

Le secrétaire général du comité interministériel fixe l'ordre du jour des réunions en accord avec les ministres chargés de la recherche et de l'industrie. Il convoque aux réunions du comité interministériel, prépare ses travaux, établit les relevés de ses décisions et veille à leur mise en oeuvre. Il prend, en accord avec les administrations concernées, les décisions relatives au soutien et au financement publics des projets retenus au titre d'Eurêka et les notifie aux administrations et aux organismes gestionnaires de procédures. Il recense les enveloppes prévisionnelles établies en vue du financement de ces projets et tient le comité interministériel informé de l'utilisation des crédits.
Il représente l'ensemble des parties françaises intéressées au programme Eurêka et conduit la délégation française au sein du " groupe de haut niveau " qui prépare les décisions de la conférence ministérielle Eurêka.

Le secrétaire général est assisté d'un coordinateur national et d'un secrétariat appelé secrétariat français d'Eurêka.
Le coordinateur national est nommé par arrêté des ministres chargés de la recherche et de l'industrie, sur proposition du secrétaire général, pour une durée de quatre ans renouvelable.
Il a la responsabilité particulière de l'animation, de l'émergence et du suivi des projets Eurêka aux plans national et européen. Il anime l'équipe du secrétariat français d'Eurêka.
Le secrétariat français d'Eurêka, dont l'organisation est arrêtée par le secrétaire général, peut accueillir des personnels mis à disposition par les départements ministériels et les établissements publics.