Outre le président de l'institut, le conseil d'administration comprend vingt-deux membres ainsi répartis :

1° Six représentants de l'Etat :

-deux représentants du ministre chargé de la santé ;

-un représentant du ministre chargé de la recherche ;

-un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;

-un représentant du ministre chargé de l'industrie ;

-un représentant du ministre chargé du budget ;

2° Trois représentants d'établissements publics ayant une mission de recherche et d'enseignement supérieur :

-le président du Centre national de la recherche scientifique ou son représentant nommément désigné ;

-un président d'université nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur sur proposition de la Conférence des présidents d'université en raison de ses compétences dans le champ d'intervention de l'institut ou son suppléant désigné dans les mêmes conditions ;

-un directeur de centre hospitalier universitaire choisi par le ministre chargé de la santé ou son suppléant désigné dans les mêmes conditions ;

3° Six représentants des personnels de l'institut élus pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois, trois d'entre eux représentant les personnels chercheurs, les trois autres représentant les personnels ingénieurs, techniciens et administratifs. Les modalités d'élection sont fixées par un arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé ;

4° Six personnalités qualifiées, parmi lesquelles des personnalités étrangères, nommées pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois, par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé et choisies :

a) Pour deux d'entre elles, parmi les personnalités représentatives du monde du travail ;

b) Pour deux d'entre elles, en raison de leur compétence dans le domaine économique et social ;

c) Pour deux d'entre elles, en raison de leur compétence dans le domaine de la recherche en sciences de la vie et de la santé.

Les nominations prononcées par les ministres mentionnés au présent article font l'objet d'une publication au Journal officiel de la République française.

Pour chacun des membres mentionnés au 1°, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions.

Le mandat des membres élus prend effet à la date de signature de l'arrêté de nomination des membres nommés au titre du 4°.

Le président peut appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.

Les membres décédés, démissionnaires ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés ou élus sont remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leur prédécesseur.

Le ou les directeurs généraux délégués, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.

Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation en vigueur.

Le président et le vice-président du conseil d'administration sont nommés par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé parmi les personnalités nommées en application du c du 3° de l'article 6.
Le président peut appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.
Les membres décédés, démissionnaires ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés ou élus doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leur prédécesseur.
Le directeur général, le secrétaire général, le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.
Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites.

Le conseil d'administration délibère sur :

1° Les grandes orientations de l'institut, les programmes généraux d'activité et l'exploitation des résultats de la recherche, pour les travaux menés par l'institut ou dont il assure l'organisation ;

2° Le plan stratégique et le projet de contrat pluriannuel prévu à l'article L. 311-2 du code de la recherche ;

3° Les mesures générales relatives à l'organisation et au fonctionnement de l'institut, et notamment la création des instituts thématiques ;

3° bis La création d'agences ou de services contribuant à l'accomplissement des missions de l'institut et la fixation de leurs règles d'organisation et de fonctionnement.

4° La création de commissions scientifiques spécialisées ;

5° Le budget et, sous réserve des dispositions du quatrième alinéa de l'article 9, ses modifications ;

6° Le compte financier ;

7° Les emprunts ;

8° Les acquisitions, aliénations, échanges d'immeubles, les baux et locations les concernant ;

9° Les actions en justice, les transactions et le recours à l'arbitrage en cas de litiges nés de l'exécution de contrats de recherche passés avec des organismes étrangers ;

10° L'acceptation des dons et des legs ;

11° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;

12° Les créations de filiales et les prises, cessions et extensions de participations financières ;

13° Le rapport annuel d'activité de l'institut présenté par le président de l'institut ;

Le conseil d'administration peut demander à l'instance mentionnée à l' article L. 114-3-1 du code de la recherche de procéder à l'évaluation de l'établissement ou met cette instance en mesure de s'assurer de la qualité de cette évaluation, dans les conditions prévues au 1° de cet article. Il peut également lui confier l'organisation des évaluations des unités de recherche dans les conditions prévues au 2° de ce même article, ou lui demander de s'assurer de la qualité des évaluations conduites par les commissions scientifiques spécialisées en validant la procédure que ces dernières proposent.

En ce qui concerne les matières mentionnées aux 8°, 9°, 10° et 11°, il peut déléguer tout ou partie de ses pouvoirs au président. Celui-ci est alors tenu de l'informer, lors de sa prochaine séance, des dispositions prises.

Le conseil d'administration se prononce en outre sur les questions qui lui sont soumises par le président de l'institut, par le ministre chargé de la recherche ou par le ministre chargé de la santé.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après la transmission du procès-verbal au ministre chargé de la recherche et au ministre chargé de la santé, à moins que l'un deux n'y fasse opposition dans ce délai. En cas d'urgence, le ministre chargé de la recherche et le ministre chargé de la santé peuvent conjointement autoriser l'exécution immédiate.

Toutefois, les délibérations sur les matières énumérées au 3° bis de l'article 8 ne sont exécutoires qu'après approbation des ministres de tutelle.

Les délibérations portant sur les emprunts, les acquisitions, échanges ou aliénations d'immeubles ainsi que la participation aux organismes dotés de la personnalité morale sont exécutoires sauf opposition du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de la santé ou du ministre chargé du budget dans un délai d'un mois à compter de leur réception par chacun de ces ministres. Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les délibérations portant sur les matières énumérées au 12° de l'article 8 sont exécutoires sauf opposition du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de la santé, du ministre chargé de l'économie ou du ministre chargé du budget dans un délai d'un mois à compter de leur réception par chacun de ces ministres.

Sont seules soumises au conseil d'administration ainsi qu'à l'approbation des autorités de tutelle et du ministre chargé du budget les modifications du budget qui comportent soit une augmentation du montant global des dépenses inscrites au budget de l'établissement, soit une augmentation des dépenses ou agrégats de dépenses dont le caractère limitatif est prévu par l'article 9 du décret n° 2002-252 du 22 février 2002 relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation du président de l'institut. Il doit être réuni dans les mêmes conditions à la demande de la majorité de ses membres. Le président de l'institut fixe l'ordre du jour.

Le conseil ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente ou représentée par un membre ayant reçu mandat ou participe à la séance par des moyens de conférence téléphonique ou audiovisuelle permettant l'identification de ces membres et leur participation effective à une délibération collégiale. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximum de vingt jours. Il délibère alors sans condition de quorum.

Les délibérations du conseil d'administration sont prises à la majorité des membres participant à la délibération dans les conditions prévues au deuxième alinéa. En cas de partage des voix, celle du président de l'institut est prépondérante.

Si cela s'avère nécessaire pour assurer le bon fonctionnement de l'établissement, une délibération peut être organisée à l'initiative du président de l'institut sous la forme d'échanges écrits transmis par voie électronique. La délibération est adoptée conformément aux dispositions du décret n° 2014-1627 du 26 décembre 2014 relatif aux modalités d'organisation des délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial.