Le conseil scientifique du Centre national de la recherche scientifique, veille à la cohérence de la politique scientifique du centre en liaison avec l'ensemble des instances scientifiques consultatives énumérées ci-dessus. Il donne son avis sur les grandes orientations de la politique scientifique du centre, ainsi que sur les principes communs d'évaluation de la qualité des recherches et des chercheurs. Il donne également son avis sur la création ou la suppression de programmes intéressant plusieurs départements, d'instituts nationaux, ou d'unités de recherche et sur les propositions de nomination aux grades de directeur et de maître de recherche pour les personnels qui restent régis par les dispositions du décret du 17 janvier 1980 susvisé.

Le directeur général lui rend compte annuellement de la mise en oeuvre de ses recommandations.