Le secrétariat général du haut comité de l'environnement est assuré, sous l'autorité du ministre de l'environnement, par un secrétaire général nommé par arrêté du Premier ministre. Il prépare les réunions du haut comité et suit l'exécution des décisions prises à la suite de ses travaux.
Il peut réunir des groupes de travail interministériels.