A l'audience, le président donne connaissance du dossier, et notamment des conclusions des rapports. Le demandeur ou son représentant ainsi que le membre de la commission qui a établi le rapport et le représentant de l'administration peuvent présenter des observations orales.

L'instruction de la demande ayant été déclarée close par le président après qu'il ait constaté le respect de la règle du contradictoire, la commission délibère à huis clos, la décision est rendue à la majorité des voix en séance publique ; en cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante. La commission peut décider de procéder ou de faire procéder à un supplément d'information.

Toutes les décisions de la commission sont motivées.