Le secrétaire de la commission est désigné par le préfet du département dans lequel siège la commission. Il dirige sous l'autorité du président l'ensemble des services administratifs de la commission et assume la responsabilité de leur fonctionnement. Il tient la plume aux séances de la commission, dresse les actes de secrétariat et procède aux formalités pour lesquelles compétence lui est attribuée. Il est dépositaire des minutes et archives dont il assure la conservation.