Le conseil de déontologie médicale des armées est présidé par l'inspecteur général du service de santé des armées et comprend notamment les trois inspecteurs du service de santé pour l'armée de terre, pour la marine et pour l'armée de l'air.

Dans le cas où il est appelé à donner son avis sur une faute professionnelle, un des inspecteurs techniques du service de santé peut être appelé à en faire partie sur désignation du ministre, en fonction du corps d'appartenance et de la qualification professionnelle de l'officier incriminé. Le conseil est tenu d'entendre l'officier concerné qui peut se faire assister d'un médecin ou d'un pharmacien chimiste des armées de son choix.