Les élèves de l'école polytechnique entrés à l'école à partir de 1999 perçoivent mensuellement pendant toute la durée de leur scolarité à l'école une solde spéciale à un taux particulier fixé par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique.
Les élèves de l'Ecole polytechnique entrés à l'école avant 2004 perçoivent mensuellement à partir de leur entrée en deuxième année de scolarité une indemnité représentative de frais, destinée à leurs frais d'entretien.
Les élèves de l'Ecole polytechnique admis à l'école à partir de 2004 perçoivent mensuellement, à compter du neuvième mois de leur première année de scolarité, une indemnité représentative de frais, destinée à leurs frais d'entretien.
Le taux de l'indemnité représentative de frais est fixé annuellement par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre du budget et du ministre de la fonction publique. Cette indemnité est revalorisée dans les mêmes conditions que la solde spéciale, à compter de l'année 2002.
Ils sont affiliés au régime militaire de sécurité sociale.