Une mission de contrôle est chargée de suivre la gestion financière et comptable de l'établissement.

Elle est composée d'un chef de mission et de trois membres nommés par arrêté du ministre de l'économie et des finances parmi les fonctionnaires des grands corps de contrôle de l'Etat.

Chacun de ses membres peut, à tout moment, se faire présenter les pièces comptables ou tous autres documents intéressant l'exécution de sa mission et procéder, sur pièces et sur place, à toutes vérifications ou investigations qui lui paraîtraient nécessaires.

Les rapports sont communiqués à l'administrateur général délégué et adressés au ministre du développement industriel et scientifique, au ministre de l'économie et des finances et au ministre chargé de la défense nationale.

Les comptes et le bilan annuel du commissariat à l'énergie atomique sont présentés à la mission de contrôle prévue au présent article et soumis à l'approbation du ministre du développement industriel et scientifique et du ministre de l'économie et des finances.