Le conseil intérieur, présidé par le directeur de l'école, qui le convoque et établit l'ordre du jour de ses réunions, comprend pour un tiers des représentants des personnels d'enseignement, pour un tiers des représentants des personnels administratifs, techniques et de service et pour un tiers des représentants des élèves.
Le nombre des membres du conseil intérieur est fixé par le conseil d'administration de l'école sans que ce nombre puisse excéder quinze.
Tous les représentants sont élus par leurs collèges respectifs selon des modalités fixées par arrêté du ministre de l'agriculture.

Le conseil intérieur assiste le directeur pour tout ce qui concerne le fonctionnement intérieur de l'établissement dans la mesure où les problèmes en cause ne relèvent pas de la compétence du conseil de l'enseignement et de la pédagogie ou du conseil des enseignants.
Il fait des propositions au conseil d'administration ;
a) Sur les dispositions du règlement intérieur qui relèvent de sa compétence ;
b) Sur les besoins des différents services administratifs en matière de crédits de fonctionnement, d'équipement et de travaux.
Il fait toutes suggestions au directeur :
a) En ce qui concerne l'organisation administrative et le fonctionnement des services généraux ;
b) Sur l'organisation des loisirs et des activités sportives et culturelles.
Il propose à l'agrément du directeur, et éventuellement du conseil d'administration, toute décision se rapportant aux relations extérieures de l'école qui relèvent de sa compétence.
Au moins deux fois par an, avant réunion du conseil d'administration il est tenu informé par le directeur de la marche de l'établissement et peut émettre tous voeux en la matière.

Sont abrogées les dispositions relatives aux conseils d'administration et de perfectionnement, précédemment institués auprès des établissements dont les structures sont définies par le présent décret, soit notamment l'arrêté du 15 janvier 1945 modifié relatif à la composition des conseils d'administration, les arrêtés modifiés des 18 décembre 1920, 23 juin 1943 et 6 août 1946 relatifs à la composition des conseils de perfectionnement, le décret du 28 avril 1958 relatif au conseil de perfectionnement unique pour les trois écoles nationales supérieures agronomiques de Grignon, Montpellier, Rennes.