Le conseil scientifique a pour mission d'assister le haut-commissaire dans l'exercice de ses fonctions notamment en proposant les orientations scientifiques de l'établissement et en procédant à une évaluation de son activité de recherche.
Il comprend vingt membres au plus, choisis pour leur expérience dans le domaine scientifique ou technique et nommés par arrêté du Premier ministre.
Le conseil scientifique est composé comme suit :
Le haut-commissaire, président ;
Sept membres, nommés sur proposition des ministres de la recherche et de l'industrie, et du ministre de la défense, choisis parmi des personnalités extérieures au commissariat à l'énergie atomique ;
Six membres, nommés sur proposition de l'administrateur général, choisis en raison de leurs fonctions ou de leurs activités scientifiques à l'intérieur du commissariat à l'énergie atomique ;
Six membres, représentant le personnel, nommés après consultation des organisations syndicales les plus représentatives dans l'établissement.
Le conseil scientifique se réunit à la demande du haut-commissaire au moins une fois par an. Ses avis sont communiqués au comité à l'énergie atomique, au conseil d'administration, au ministre de la recherche et de l'industrie et au ministre de la défense.