Le directeur est nommé pour cinq ans par décret pris sur rapport du ministre de l'éducation nationale et choisi sur une liste de plusieurs noms proposés par le conseil d'administration de l'école. Peuvent être candidats des personnalités scientifiques ou industrielles.
Ses fonctions sont renouvelables par période de cinq ans, sur proposition du conseil d'administration de l'école.
Les conditions d'emploi du directeur de l'école centrale font l'objet d'un contrat particulier.