L'agent comptable, chef des services de la comptabilité, est nommé par arrêté du ministre de l'économie et des finances et du ministre des transports.
Sa rémunération est fixée par le ministre de l'économie et des finances et le ministre des transports, après avis du conseil d'administration.

Avant son installation, l'agent comptable doit prêter serment devant la Cour des comptes et fournir en garantie de sa gestion un cautionnement dont le montant est fixé par arrêté du ministre de l'économie et des finances.
Il peut, sous sa responsabilité, avec l'agrément du ministre de l'économie et des finances et en accord avec le directeur de l'office, déléguer sa signature à un ou plusieurs de ses agents qu'il constitue ses fondés de pouvoir par une procuration régulière. Ces derniers peuvent être astreints à un cautionnement dont le montant est fixé de la même manière que pour l'agent comptable.
La gestion de l'agent comptable est soumise aux vérifications de l'inspection générale des finances.

L'agent comptable qui a cessé ses fonctions peut obtenir le remboursement de son cautionnement en produisant un certificat de libération définitive établi par le ministre de l'économie et des finances.

Sous l'autorité du directeur, l'agent comptable assure le fonctionnement des services de la comptabilité. Il a sous ses ordres le personnel nécessaire à cet effet.
En sa qualité de comptable public, il est chargé, sous sa responsabilité personnelle et pécuniaire, de la perception des recettes du paiement des dépenses, de la caisse et du portefeuille dans les conditions prévues au titre III ci-après.
Il est responsable de la sincérité des écritures.
L'agent comptable peut être chargé par le directeur de tenir la comptabilité des engagements de dépenses.

L'agent comptable peut obtenir décharge de la responsabilité qu'il a encourue en application des deuxième et troisième alinéas de l'article précédent, par décision du ministre de l'économie et des finances, prise après avis du conseil d'administration, dans les conditions prévues par l'article 20 du décret n° 53-714 du 9 août 1953.
Il peut également, après avis du conseil d'administration et dans les conditions prévues à l'article 21 du décret du 9 août 1953 précité, obtenir la remise des sommes laissées à sa charge.