Le chef de l'inspection générale de l'administration pénitentiaire, directeur d'administration centrale, est garant de l'indépendance, de l'impartialité et de la qualité des travaux de la direction. Il dirige l'activité de l'inspection générale.
A ce titre :
1° Il organise et coordonne les activités de l'inspection générale, attribue les missions aux membres de l'inspection générale, fait connaître les conclusions des travaux es inspecteurs aux commanditaires des rapports, propose les modalités de diffusion des rapports ;
2° Il établit un programme annuel d'activité incluant une programmation annuelle d'études thématiques ;
3° Il gère les personnels de la direction.
Le chef de l'inspection générale est assisté d'un adjoint.

Toute demande de mission est adressée par le garde des sceaux, ministre de la justice, ou le directeur général de l'administration pénitentiaire au chef de l'inspection générale, qui décide de ses modalités de mise en œuvre et en informe ces derniers, ainsi que les services susceptibles d'être directement concernés par les travaux de la mission initiée.
A la demande ou avec l'accord du garde des sceaux, ministre de la justice, l'inspection générale participe à des missions conjointement avec l'inspection générale de la justice ou d'autres services d'inspection.

Le chef de l'inspection générale réunit au moins deux fois par an l'ensemble des membres de la direction pour faire état de l'avancement du programme d'activités, établir un bilan de l'activité de la direction et débattre de toute question relevant du champ d'intervention ou du fonctionnement de l'inspection générale.

Lorsque plusieurs inspecteurs sont affectés à une mission par le chef de l'inspection générale, celui-ci désigne un inspecteur chargé de coordonner l'action des membres de la mission.

Sauf décision contraire du chef de l'inspection générale, toute mission de contrôle est notifiée préalablement au service, à l'organisme ou à l'établissement concerné.