Toute demande de mission est adressée par le garde des sceaux, ministre de la justice, ou le directeur général de l'administration pénitentiaire au chef de l'inspection générale, qui décide de ses modalités de mise en œuvre et en informe ces derniers, ainsi que les services susceptibles d'être directement concernés par les travaux de la mission initiée.
A la demande ou avec l'accord du garde des sceaux, ministre de la justice, l'inspection générale participe à des missions conjointement avec l'inspection générale de la justice ou d'autres services d'inspection.