Le président exerce l'autorité sur les services de la commission.
Le secrétariat de la commission assure, sous l'autorité de son président, la coordination des travaux nécessaires à la réalisation des évaluations prévues dans le programme de travail, à leur visibilité et au suivi de la mise en œuvre des recommandations adoptées par la commission. Il prépare les réunions des deux collèges et de la formation plénière de la commission.
Il est dirigé par un secrétaire général désigné par arrêté du ministre chargé des affaires étrangères, et doté d'agents recrutés par le secrétaire général. Les membres du secrétariat de la commission peuvent assister aux réunions de la commission. Dans l'exercice de leurs missions au titre de la commission d'évaluation, ni ses membres ni ceux du secrétariat ne peuvent recevoir d'instructions.
Un règlement intérieur, adopté par la formation plénière de la commission, sur proposition de son président, précise les règles de fonctionnement applicables au sein de la commission, et notamment les conditions dans lesquelles des rapporteurs et experts peuvent être mandatés. Il détermine les conditions dans lesquelles son président peut déléguer ses attributions ainsi que les pouvoirs propres qui peuvent lui être reconnus.