Les élections des représentants du personnel et des usagers aux différents conseils ont lieu, à bulletin secret et par collèges distincts, au scrutin de liste à un tour avec représentation proportionnelle au plus fort reste.
Lorsqu'un seul siège est à pourvoir, l'élection a lieu au scrutin uninominal majoritaire à un ou deux tours.
Le vote peut avoir lieu par correspondance ou par procuration.
Il peut être recouru au vote électronique dans les conditions fixées par les articles 2 à 17 du décret du 26 mai 2011 susvisé.
Un arrêté du ministre chargé du développement durable précise les conditions d'exercice du droit de suffrage, les conditions d'éligibilité, la composition des collèges électoraux, les conditions d'expression du vote, les modalités de mise en œuvre du vote par correspondance, par procuration et par voie électronique, et les conditions de déroulement et de régularité des scrutins et les modalités de recours contre les élections.
Les membres élus ne peuvent siéger dans plus d'un des conseils de l'école.

Le conseil d'administration, le conseil de la recherche et le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante se réunissent au moins deux fois par an.
En cas de partage égal des voix au sein d'un conseil, celle du président est prépondérante.
Le président de chaque conseil peut inviter aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile sur un point précis de l'ordre du jour.
Le règlement intérieur de l'école précise les règles relatives à la composition et au fonctionnement des conseils. Il détermine notamment :
1° La composition du conseil scientifique et du conseil de l'enseignement et de la vie étudiante et les modalités de désignation de leurs membres ;
2° Les modalités d'élection du président du conseil d'administration ;
3° Les règles de quorum des différents conseils et les modalités d'adoption de leurs délibérations ainsi que les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour des conseils ;
4° Les modalités de représentation des membres des conseils et les règles selon lesquelles il est pourvu au remplacement du président en cas d'empêchement de celui-ci ;
5° Les règles de publicité des délibérations.

La durée du mandat des membres des conseils est de quatre ans renouvelable, à l'exception des représentants des usagers dont le mandat est de deux ans. Le mandat des membres des conseils court à compter de l'installation de ceux-ci.
Lorsqu'ils ont perdu la qualité au titre de laquelle ils ont été élus, le mandat des membres des conseils prend fin de manière anticipée.
Tout membre nommé d'un conseil qui n'est pas présent ou représenté lors de trois séances consécutives peut être déclaré démissionnaire à la majorité des autres membres composant le conseil auquel il appartient.
Toute cessation de fonctions, pour quelque cause que ce soit, en cours de mandat donne lieu à la désignation d'un nouveau membre dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant l'expiration du mandat.
Les membres des conseils exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour des membres des conseils sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante et le conseil scientifique se réunissent en formation conjointe pour émettre un avis sur :
1° La politique de l'établissement en matière de recrutement des personnels assurant des fonctions d'enseignement et de recherche ;
2° Les questions communes à la recherche et à l'enseignement, notamment les questions relatives à la formation à et par la recherche, à la formation à l'innovation, aux partenariats académiques d'enseignement et de recherche et à la politique de site.