L'Ecole nationale des travaux publics de l'Etat est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur assisté d'un conseil scientifique et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.

L'école peut, avec d'autres établissements publics d'enseignement supérieur ou de recherche, créer un ou plusieurs services communs. Les établissements intéressés règlent par convention l'organisation et les modalités de gestion de ce service. Cette convention mentionne les missions dévolues au service, l'établissement de rattachement au sein duquel le service établit son siège ainsi que les droits et obligations des établissements contractants. Elle précise en outre les conditions de nomination du directeur de ce service, la durée de son mandat ainsi que, le cas échéant, la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement de l'instance consultative qui assiste le directeur.