Les agents d'exploitation et agents d'exploitation principaux de Voies navigables de France reçoivent, dans l'année qui suit leur première prise de poste, une formation technique portant sur la conduite, le fonctionnement et l'entretien courant des engins, ainsi que sur les travaux nécessitant une qualification particulière.
Les chefs d'équipe d'exploitation principaux de Voies navigables de France reçoivent une formation technique portant notamment sur la sécurité et la prévention, l'organisation du travail et l'encadrement d'équipes.
Le contenu et les modalités de ces formations sont fixés par arrêté conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé de la fonction publique, après proposition du directeur général de Voies navigables de France.