Les membres du corps des personnels d'exploitation de Voies navigables de France sont soumis au régime d'organisation et d'aménagement du temps de travail applicable aux agents de droit public de Voies navigables de France prévu par le code des transports.

Pour la continuité des missions énumérées à l'article L. 4311-1 du code des transports, en particulier l'exploitation, l'entretien, la maintenance et la gestion hydrauliques des voies navigables, ils peuvent être appelés, en raison des nécessités de la circulation sur les voies navigables ainsi que des exigences de l'exploitation des ports maritimes, à exécuter, en dehors de leur horaire normal de travail, un service de jour et de nuit, en semaine, les samedis, dimanches, et jours fériés. Les modalités d'exécution de ce service exceptionnel ainsi que les conditions d'octroi d'un repos compensateur sont fixées dans le cadre de l'accord collectif de Voies navigables de France, conformément aux dispositions de l'article L. 4312-3-4 du code des transports.