Les agents de l'Institut perçoivent après service fait une rémunération, dont les conditions sont précisées par leur contrat.
La rémunération est déterminée en fonction de la position catégorielle de l'emploi occupé. Elle tient compte de l'expérience professionnelle de l'agent, des diplômes et des qualifications détenues ou obtenues au regard des fonctions exercées, conformément aux critères prévus par le décret du 17 janvier 1986 précité.
Elle tient également compte des responsabilités exercées par l'agent, de la manière de servir à titre individuel et collectif, des conditions d'exercice du poste occupé et, le cas échéant, des sujétions liées à la mobilité professionnelle et à certains emplois.
Les conditions de son évolution sont déterminées en fonction de la position catégorielle de l'emploi sur lequel ils sont affectés.

Une délibération du conseil d'administration de l'Institut fixe les éléments constitutifs de la rémunération afférente à chaque position catégorielle et détermine les montants minimum et maximum correspondants. Pour la position catégorielle AIII niveaux B et C, elle peut prévoir des éléments de rémunération complémentaire relevant de dispositifs de reconnaissance au mérite ou de qualification particulière.
La rémunération fait l'objet d'une réévaluation périodique, au vu notamment des résultats de l'évaluation prévue à l'article 9 du présent décret, ou en cas d'évolution des fonctions, conformément aux dispositions de l'article 1-3 du décret du 17 janvier 1986 précité, sur la base de critères définis par décision du directeur général, prise après consultation du comité technique d'établissement public.
Chaque année, le conseil d'administration de l'Institut est tenu informé de l'évolution moyenne des rémunérations constatée au cours de l'année précédente.