Le bénéficiaire de l'aide tient à la disposition de l'opérateur France Travail tout document permettant d'effectuer le contrôle de l'éligibilité de l'aide, durant un délai de quatre ans à compter de la date d'attribution de l'aide.

L'opérateur France Travail échange les informations ou données strictement nécessaires à l'exercice de ce contrôle avec d'autres administrations publiques, notamment l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale, la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole et le Commissariat général à l'égalité des territoires.

Les demandes visant à contrôler l'exactitude des déclarations de l'employeur sont adressées à celui-ci par tout moyen permettant d'établir une date certaine. Si l'employeur ne produit pas dans le délai d'un mois les documents demandés, le versement de l'aide est suspendu. Au-delà de trois mois, les sommes versées sont considérées comme indument perçues et reversées à l'Etat.

En cas de constatation du caractère inexact des attestations de l'employeur justifiant de la présence du salarié, les sommes indûment perçues au titre de la période considérée sont reversées à l'Etat.
En cas de constatation d'une fraude de l'employeur dans les attestations ou déclarations qu'il transmet à l'opérateur France Travail pour justifier de l'éligibilité aux emplois francs, la totalité des sommes perçues au titre de ce dispositif doivent être reversées à l'Etat et le bénéfice de l'aide au titre des semestres restants n'est plus dû.