Lorsqu'une période d'intérim est assurée dans les conditions prévues par l'article 6 du décret n° 2005-920 du 2 août 2005 susvisé, une indemnisation est versée à l'agent chargé de l'intérim en cas d'absence d'une durée supérieure à trente jours calendaires ou en cas de vacance d'emploi du directeur chef d'établissement ou du directeur en charge d'une direction commune.

En cas d'intérim, l'agent chargé de remplacer le directeur bénéficie d'une majoration temporaire de la part Fonctions perçue au titre de sa prime de fonctions et de résultats.
Cette majoration est calculée par application au montant de référence, d'un coefficient multiplicateur défini par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé, du budget et de la fonction publique. Le cas échéant, un déplafonnement temporaire de la prime de fonctions et de résultats est autorisé le temps de la période d'intérim.
La majoration fait l'objet d'une notification établie par l'autorité ayant prononcé l'intérim. Le versement mis en place est mensuel à terme échu.