En dehors des zones de protection intégrale, l'activité ostréicole peut être autorisée au sein de trois zones d'implantations ostréicoles d'un seul tenant chacune au maximum, définies par arrêté du préfet de la Gironde. Cet arrêté est pris sur proposition du comité régional de la conchyliculture et après avis du conseil scientifique de la réserve. La superficie totale des concessions ostréicoles au sein de ces zones ne peut excéder 45 hectares cumulés maximum, y compris les passages entre les concessions. La délimitation de ces zones est réalisée après que la délimitation des zones de protection intégrale est arrêtée.

L'autorisation d'exploitation des cultures marines est délivrée pour une durée de cinq ans renouvelable conformément à la réglementation en vigueur.