Le secrétariat du haut conseil est assuré par le service des droits des femmes et de l'égalité entre les femmes et les hommes de la direction générale de la cohésion sociale.
A l'exception des dépenses concernant l'occupation de locaux et le soutien logistique, qui sont prises en charge par les services du Premier ministre, les emplois et crédits nécessaires au fonctionnement du haut conseil sont inscrits au budget du ministère chargé des droits des femmes. Une convention conclue entre les services du Premier ministre et le ministère chargé des droits des femmes précise les modalités d'application du présent alinéa.