Sur le domaine qui lui est confié et pour l'exercice de ses missions, Voies navigables de France est substitué de plein droit à l'Etat dans les droits et obligations de celui-ci, tels qu'ils résultent des conventions, contrats et concessions qu'il a conclus avec des tiers antérieurement à la création de l'établissement public.

Voies navigables de France exerce sur le domaine public qui lui est confié par l'Etat et pour la réalisation des missions définies aux articles L. 4311-1 et L. 4311-2 les pouvoirs d'administration et de gestion.
A ce titre, il lui appartient notamment, dans le respect des principes de la domanialité publique et sous réserve de l'application des dispositions législatives mentionnées à l'article R. 4311-5, d'autoriser toute occupation et autre utilisation du domaine public fluvial. Il a le pouvoir de délivrer, dans les conditions prévues à l'article R. 2122-15 du code général de la propriété des personnes publiques, les titres d'occupation du domaine public de l'Etat en application des articles L. 2122-5 à L. 2122-19 du même code, à l'exception de l'article L. 2122-15.
Il peut procéder à tous travaux sur le domaine qui lui est confié, sous réserve des dispositions de l'article R. 4311-3.

Toute concession d'outillage public, d'installation portuaire de plaisance ou autorisation d'outillage privé avec obligation de service public délivrée dans les conditions prévues au deuxième alinéa de l'article R. 4313-14 donne lieu à une convention avec cahier des charges passée par Voies navigables de France avec le demandeur.

Voies navigables de France est l'autorité gestionnaire, au sens de l'article R. 4400-1, du domaine public fluvial qui lui est confié par l'Etat.

Les règles de circulation sur le domaine public et de sécurité de la navigation demeurent fixées par l'Etat.
L'Etat demeure responsable sur le domaine confié à Voies navigables de France des polices de la navigation, des eaux, des installations classées, de l'hydroélectricité, de la pêche, de la chasse et des mines et carrières.

Voies navigables de France procède aux acquisitions et prises à bail des biens immobiliers, après avoir consulté le directeur des services fiscaux, dans les conditions prévues par les articles R. 1211-1 à R. 1211-6 et R. 4111-1 à R. 4111-5 du code général de la propriété des personnes publiques.
Les biens immobiliers acquis à l'amiable ou par voie d'expropriation par l'établissement public, à l'exception de ceux qui le sont en réemploi du produit de la vente d'un bien propre, sont acquis au nom de l'Etat et réputés être immédiatement confiés par celui-ci à l'établissement public.
Voies navigables de France communique aux ministres chargés des transports et du domaine, avant le 1er mars de chaque année, l'état des biens immobiliers acquis l'année précédente.

Les immeubles confiés à l'établissement public ne peuvent faire l'objet d'un déclassement, d'un changement d'affectation, d'un transfert de gestion ou d'une aliénation que dans les conditions et suivant les procédures applicables aux biens de l'Etat.