Sous réserve des modalités particulières de la présente section, l'établissement public est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Un règlement financier définit les modalités pratiques des dispositions financières et comptables applicables à l'établissement.

Le compte financier de l'établissement comprend les comptes sociaux et les comptes consolidés. Ils sont préparés par l'agent comptable.
Ils sont, après adoption par le conseil d'administration, transmis avec leurs annexes au ministre chargé des transports et au ministre chargé du budget pour approbation ainsi qu'à la Cour des comptes.

L'agent comptable principal, chef des services de la comptabilité, peut, sous sa responsabilité et avec l'agrément du directeur général de l'établissement, déléguer sa signature à un ou plusieurs de ses agents, qu'il constitue ses fondés de pouvoirs par une procuration régulière.

Des comptables secondaires peuvent être désignés sur proposition du directeur général, avec l'agrément de l'agent comptable, par arrêté conjoint des ministres chargés du budget et des transports.
Les comptables secondaires relèvent de la responsabilité et de l'autorité de l'agent comptable principal.

L'inventaire des biens meubles et immeubles et la situation des disponibilités sont dressés, à la fin de chaque exercice comptable, par les soins de l'agent comptable ou sous son contrôle.
L'agent comptable établit ou fait établir l'inventaire des biens immeubles privés acquis au titre de la gestion du domaine confié à l'établissement ainsi que des biens meubles et immeubles confiés par l'Etat en vue de pourvoir aux missions d'administration du domaine public fluvial qui lui est confié.

La garde et le maniement des fonds et valeurs de Voies navigables de France incombent à l'agent comptable qui assure la gestion de la trésorerie et du portefeuille sous l'autorité du conseil d'administration et du directeur.
Les fonds disponibles sont déposés au Trésor public.
Un compte peut également être ouvert à la Banque de France, au nom de l'agent comptable, pour permettre l'exécution des opérations en devises.
Les comptes de disponibilités fonctionnent sous la seule signature de l'agent comptable.

Avec l'accord du ministre chargé du budget, le directeur général peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable et dans la limite des crédits approuvés, certaines menues dépenses.
Ces dépenses sont payées, soit directement par l'agent comptable, soit sous sa responsabilité, par certains agents de Voies navigables de France désignés, avec son accord, par le directeur général.
L'agent comptable est tenu de justifier, chaque mois, des dépenses effectuées. Au vu des justifications produites, le directeur général émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.

Les pièces justificatives de recettes et de dépenses sont conservées dans les archives de l'agent comptable pendant six ans à partir de la date de clôture de l'exercice au cours duquel elles ont été établies.

Dans ses relations avec ses usagers et les occupants du domaine public fluvial, Voies navigables de France peut recourir à la facturation.

Des régies d'avances ou des régies de recettes peuvent être instituées par le directeur général après avis de l'agent comptable, dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Des avances peuvent être consenties, dans les conditions fixées par le conseil d'administration avec l'accord du contrôleur budgétaire, aux personnels de Voies navigables de France ainsi qu'aux personnes, sociétés ou organismes mandatés par l'établissement pour opérer pour son compte, aux entrepreneurs et aux fournisseurs.
Le mode de justification de ces avances est déterminé par le règlement financier.

Un règlement adopté par le conseil d'administration sur proposition du directeur général fixe les modalités de constitution et de fonctionnement d'une commission consultative des marchés.
Le règlement est soumis à l'approbation du ministre chargé des transports et du ministre chargé du budget. L'approbation est réputée acquise, à défaut d'opposition de leur part, dans un délai de deux mois à compter de la date de leur saisine.