Le conseil national est présidé par le président de l'Etablissement public du palais de la Découverte et de la Cité des sciences et de l'industrie.
Il comprend en outre vingt membres :
1° a) Un représentant du ministre de la recherche ;
b) Un représentant du ministre de la culture ;
c) Un représentant de l'Agence nationale de la recherche ;
d) Un représentant du Muséum national d'histoire naturelle ;
e) Un représentant du Conservatoire national des arts et métiers ;
2° Le président de l'Association des régions de France ou son représentant ;
3° Quatorze personnalités qualifiées.
Les membres mentionnés au 3° sont nommés par arrêté des ministres chargés de la recherche et de la culture. Leur mandat est de cinq ans.