Pour l'exercice de ses missions, le délégué interministériel pour l'éducation numérique en Afrique peut faire appel, en tant que de besoin, aux différentes administrations centrales concernées et aux établissements publics de l'Etat.
Ses moyens de fonctionnement sont inscrits sur le budget du ministère des affaires étrangères et européennes.
Il rend compte de ses travaux au Premier ministre et au ministre des affaires étrangères et européennes.