Les aides financées par le fonds de continuité territoriale font l'objet de comptes rendus trimestriels et annuels établis et transmis au ministre chargé de l'outre-mer et au ministre chargé du budget par l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité. Ces comptes rendus présentent, par aide, le nombre de bénéficiaires, la consommation de crédits ainsi que les prévisions pour l'année en cours et l'année suivante.