Le fonctionnement financier et comptable de l'Agence nationale pour l'emploi est assuré, sous réserve des dispositions de la présente sous-section, dans les conditions fixées par les articles 1 à 62, 151 à 153 et 190 à 225 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'Agence nationale pour l'emploi et ses filiales sont soumises au contrôle économique et financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.
Un membre du corps du contrôle général économique et financier assure le contrôle de l'institution.

Un arrêté conjoint des ministres chargés du budget et de l'économie fixe les modalités d'application des articles R. 5312-58 et R. 5312-59.

Le budget de l'Agence nationale pour l'emploi comporte en recettes :
1° Les subventions de l'Etat ;
2° Les éventuelles subventions d'organismes publics ou privés ou celles de collectivités territoriales ;
3° Les revenus des immeubles ;
4° Les ventes de publications ;
5° Les redevances pour services rendus et autres recettes.

Le budget de l'Agence nationale pour l'emploi comporte en dépenses :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement et d'équipement ;
3° Les dépenses d'intervention et, d'une manière générale, toutes celles qui sont nécessaires au financement des activités de l'agence.

Le budget présenté chaque année au conseil d'administration comprend :
1° Un compte de résultat prévisionnel au sein duquel les crédits de personnel ont un caractère limitatif ;
2° Un tableau de financement prévisionnel.

Lorsque le budget n'a pas été voté par le conseil d'administration ou approuvé par l'autorité de tutelle avant le début de l'exercice, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées sur la base du budget de l'exercice précédent de l'Agence nationale pour l'emploi.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés du budget et de l'emploi.
Des agents comptables secondaires, dont un par région, sont désignés par le directeur général sur proposition de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Les directeurs régionaux de l'Agence nationale pour l'emploi sont ordonnateurs secondaires.
Outre les directeurs régionaux, d'autres ordonnateurs secondaires peuvent être désignés par le directeur général.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées dans des conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Les marchés conclus par l'Agence nationale pour l'emploi sont soumis aux règles de passation définies par le code des marchés publics ainsi que, en tant qu'ils concernent des prestations informatiques, aux dispositions du décret n° 2007-61 du 16 janvier 2007 relatif à la commission des marchés publics de l'Etat.
Les directeurs régionaux exercent le rôle de pouvoir adjudicateur en matière de marchés dans la limite de leurs attributions.
Le directeur général de l'institution détermine les conditions d'application du présent article.